Конотопська дитяча художня школа працює за  Типовою освітньою програмою  елементарного  підрівня початкової мистецької освіти  з образотворчого мистецтва  (станкове  та декоративне), клас образотворчого (Станкового та декоративного)мистецтва, затвердженими наказом Міністерства культури №352 від 24.04.2019 та рекомендованими до застосування Міністерством освіти та науки України та Типовою освітньою програмою середнього (базового) підрівня з початкової мистецької освіти  з образотворчого мистецтва початкового професійного спрямування (станкове мистецтво та скульптура), затвердженою наказом Міністерства культури №562 від 23.07.2019 та рекомендованими до застосування Міністерством освіти та науки України.
Школа працює за двома рівнями мистецької освіти: елементарним та базовим. У своїй освітній роботі використовує Типові навчальні програми, затверджені Міністерством культури та рекомендовані Міністерством освіти та науки України